自考针对大专或本科学历，通过自学和考试获得本科或专科毕业证书。在职研究生适合在职人士，提升专业能力和学历水平，包括同等学力申硕免试入学后申请硕士学位、专业硕士通过全国联考和复试获得硕士学位和学历双证，以及中外合办项目获得中方证书和外方学位证书。
在职研究生包括同等学力申硕和专业硕士两种形式，同等学力申硕入学门槛低，适合工作经验丰富的在职人员；专业硕士含金量较高，需要满足学历条件。自考本科适合学历有缺口且时间灵活的人群，因为它学习方式灵活，门槛低。完成自考本科后，可以接着报考在职研究生。自考本科的含金量可能不如全日制本科，一些企业对它认可度不高。
在职研究生和自考本科可以一起考。两者学习时间可能冲突，因此要合理安排时间以完成任务。同时进行会增加学习压力，需要具备时间管理和自我调节能力。另外，报考研究生时必须在报名现场确认前拿到本科毕业证书。
自考研究生通过自学考试方式获取研究生课程合格证书，不必参加全国硕士研究生统一入学考试，学习时间可以根据个人安排。获得的证书一般是课程合格证书，而不是正式的硕士学位证书。在职研究生针对在职人员设计，通过非脱产学习形式进行。入学方式包括同等学力申硕和非全日制研究生两种，同等学力申硕允许专科及以上学历者免试入学，完成课程后可参加考试获得硕士学位证书；非全日制研究生要求参加全国硕士研究生统一入学考试，录取后修满学分并通过论文答辩才能获得硕士学位证书。
两者在方式上不同，自考研究生强调自学和灵活性，在职研究生则结合工作实际提供更多学位机会。从入学途径看，自考研究生不需要统考，而在职研究生部分需要。从证书类型看，自考研究生得到课程证书，在职研究生可获硕士学位证书。从适合人群看，自考研究生适合想提升专业知识的人，在职研究生适合有学位需求的工作者。
